حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیت به مناسبت درگذشت دكتر حسن حبیبی، با اشاره به تاریخچه‌ی خدمات ایشان به نظام جمهوری اسلامی، مرحوم دکتر حبیبی را مؤمنی صادق،پارسا و خدوم خواندند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم
با دریغ و تأسف خبر درگذشت یار دیرین انقلاب و دانشمند متعهد مرحوم مغفور آقای دكتر حسن حبیبی رحمة‌الله‌علیه را دریافت كردم.
ایشان مؤمنی صادق و پارسا و خدوم بود. تاریخچه‌ی خدمات وی به نظام جمهوری اسلامی از پیش از انقلاب و به‌هنگام تدوین پیش‌نویس قانون اساسی آغاز شده و در طول سالهای متمادی در عضویت شورای انقلاب و سپس بر عهده گرفتن مسئولیتهای بزرگ دیگر ادامه یافته است. بیماری جانكاه و طولانی وی، صبر و تسلیم و توكل او را نیز بر فهرست مزایای شخصیتی وی افزود و امید است رحمت و مغفرت و رضوان الهی شامل حال ایشان گردد. لازم میدانم به همسر گرامی و باوفای ایشان و دیگر بازماندگان و نیز به همكاران و علاقمندان به آن فقید سعید تسلیت خویش را تقدیم نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
12 بهمن 1391